舞台は江戸時代。東北の小藩・海坂藩を治める藩主・右京太夫（村上淳）は藩政を疎かにして、愛妾・連子（関めぐみ）に溺れ日々奢侈を重ねている暗君。

連子は右京太夫の寵愛を盾に、財政の建て直しを目的とした倹約令を骨抜きを企てるなど、その恣意的な進言を通じて政治への介入を続け、家臣も民も悪政に苦しめられていた。

諫言を行った老臣に腹を切らせ、貧窮に耐えかねた一揆を起こした農民を武力で弾圧するなど、その言葉ひとつで人命すら奪われてゆく。その悪政を止めるもはや誰もいないかに思われた…。

藩の行く末を案じた近習頭取の兼見三左エ門（豊川悦司）は、能見物を終えた連子を右京太夫や藩士たちの目の前で刺殺する。最愛の妻である睦江（戸田菜穂）を病で亡くした彼の死に場所を求めての行為でもあった。

当然、斬首を覚悟していた三左エ門だったが、中老の津田民部（岸部一徳）の取り成しにより、彼に下された処分は一年間の蟄居閉門と扶持の半減という異例中の異例ともいえるほど寛大なものだった。

これは三左エ門にとって、武士としての死に場所を失うことを意味したが、中老の温情に背くこともできず、素直に刑を受け入れる。一年間の処分が明けた後、元の役職である近習頭取への復帰が許され、再び藩主・右京太夫の傍に仕えることになるった三左エ門はどこか釈然としない。 武士として立ち回った兼見三左エ門の SAMURAI RUMBLEは果たしてどのようなものだったのか？

「自分が行った行為に意味が本当に意味があったのか」、「寛大な処分の裏には何かあるのではないか―。」 連子が亡くなった後も身勝手きわまる藩政を行う右京太夫に仕える己に迷い苦しむが、亡き睦江の姪である里尾（池脇千鶴）の献身的な支えだけを心の拠り所に、一度は捨てた命を再び生きるのだった。

そんなある日、先の事件で自分の斬首を止めさせた中老・津田民部から秘密の藩命が下る。それは、右京太夫の従弟であり、直心流の剣の達人でもある帯屋隼人正（吉川晃司）を討てというものだった。藩内では右京太夫に臆することなく苦言を呈することのできる存在だったが、二人の対立は決定的となった今、隼人正は現在の藩主を廃して、江戸在住の若君を据えようと画策しているのだ。

三左エ門に密命を下したのは、彼が隼人正に優るとも劣らない剣豪（天心独名流）でにあることと、藩主への覚えをよくするための機会を与えるためだという。今こそ“負の過去”に決着をつける時だと悟った三左エ門は、中老の命に従うことを決意する。

戦いを前に、三左エ門は生きる目的を失いかけた自分をこれまで支えてくれた里尾を嫁がせようとする。緊迫する藩内の情勢を考えて、彼女の安全を案じたのだ。しかし、里尾はその申し出を断っただけでなく、三左エ門へ寄せる想いを口にする。戸惑いを隠せない三左エ門だったが、彼女の気持ちを真正面から受け止め、一夜を共にする。里尾を実家へ帰す三左エ門は「必ず、迎えに行く」と約束するのだった。

そして迎えた隼人正との決着の日―。右京太夫を亡き者にせんと城内にやってきた隼人正は剣を引っさげたまま面会を要求する。諌める三左エ門に耳を貸そうともせず、剣を抜く。隼人正は身に帯びていた脇差で応対し、激しい戦いが繰り広げられる。そして、太刀の鍔に剣先をこじ入れて動きを封じた三左エ門は遂に隼人正との勝負を制する。

藩命に従い忠義を示すはずの行為を中老は「乱心である。この者を斬り捨てよ！」と命じる。隼人正は遅まきながら全てを悟る。自分が先の事件で寛大な処置を受けたのも、隼人正を亡き者にせんとする藩主と中老の陰謀だったのだと。

兼見を援護するために控えていたの侍たちは中老の命に最初は耳を疑うが、時を移さず一気に斬りかかる。腹を突かれ、肩がけに斬られ、頭部に太刀を浴びせられても、三左エ門は最後の力を振り絞って孤軍奮闘する。

激しい雨の降る中、満身創痍で太刀を振るった三左エ門も遂に力尽きて胡坐をかいたまま動かなくなった。一人の藩士が近づきその死を確かめる。安心した藩主と中老が、三左エ門に近づいたその瞬間、息絶えたはずの三左エ門の剣が中老の腹部を貫く。これこそ「この剣を使う時には、私は半ば死んでいるでしょう。」と三左エ門が語っていた"必死剣鳥刺し"だったのだ。

時は流れて―。幼子を抱いて一人の女が街道筋を見つめている。「今日も来なかったね」とわが子に語りかけるその女性は、「必ず迎えに行く」と約束した三左エ門を待ち続ける里尾だった―。